試管嬰兒作為一種創(chuàng)傷性治療有其危害。取卵過程中可發(fā)生腹腔內(nèi)出血而保守治療效果不佳,應(yīng)開腹止血。取卵也可引起某些副損傷如對膀胱、腸管、輸尿管和血管的損害。取卵多者可表現(xiàn)為卵巢過度刺激,孕后可加重卵巢過度刺激,表現(xiàn)為腹部脹痛,卵巢腫大,平臥位呼吸困難,血液濃縮等,電解質(zhì)紊亂,尿量少,嚴(yán)重時血栓形成而被迫結(jié)束妊娠。試管嬰兒使多胎妊娠機(jī)率提高,多胎妊娠又嚴(yán)重危及母兒安全并需減胎。第2代試管嬰兒由于并非自然受精且未經(jīng)歷自然界的優(yōu)勝劣汰,其致病基因可能被遺傳到了子代。